El 25 de octubre, el submarino ARA San Juan zarpó desde la Base Naval de Mar del Plata, llegó a Ushuaia pero nunca volvió a su punto de partida ya que desapareció el 15 de noviembre con 44 tripulantes a bordo. Un documento confidencial prueba que la nave salió a navegar sin las inspecciones de seguridad de la Inspección General de la Armada.
El 15 de noviembre a las 6 de la mañana, poco antes de la última comunicación, la tripulación del ARA San Juan informó "ingreso de agua de mar por sistema de ventilación al tanque de baterías N° 3 ocasionó cortocircuito y principio de incendio en el balcón de barra de baterías. Baterías de proa fuera de servicio al momento en inmersión propulsando con circuito dividido. Sin novedades del personal. Mantendré informado", consta en uno de los documentos que tiene en su poder la jueza federal de Caleta Olivia, Marta Yañez.
El mensaje fue recibido por Claudio Villamide, quien estaba a cargo del Comando de la Fuerza de Submarinos, y Pedro Martín Fernández, oficial superior inmediato del ARA San Juan. Recién a las 8:52 el mensaje fue retransmitido al Comando de Adiestramiento y Alistamiento, a cargo de Luis Enrique López Mazzeo, según publicó el portal Infobae.
Ese mismo día, Villamide reconoció, mediante un "mensaje naval secreto" enviado a las 8:13 (minutos antes de reenviar el mensaje recibido desde el submarino), que había pospuesto las inspecciones de seguridad del ARA San Juan para la primera quincena de diciembre "por razones operativas". La inspección debía realizarse antes de zarpar el 25 de octubre, después de la misión entre el 1 y 19 de julio del año pasado, en la que también se reportó ingreso de agua por el snorkel hacia el sistema de baterías.
