Además se desempeñó como convencional constituyente de la Asamblea que reformó la Carta Magna en 1994; resultó electo diputado en 2009 por la provincia de Buenos Aires y ejerció la Secretaria General del bloque regional UNASUR, función que cumplía al momento de su fallecimiento.
Al llegar a la Casa Rosada, Kirchner "tenía más desocupados que votos", como suele recordar la presidenta Cristina Fernández de Kirchner, sin embargo se preocupó desde un primer momento en acumular capital político y la relación que estableció con las organizaciones sociales resultó vital para oxigenar al gobierno en sus primeros meses de gestión.
Negociar una quita para la deuda que Argentina había dejado de pagar en 2001; propiciar el cambio de la Corte Suprema e impulsar la anulación de las leyes de Obediencia Debida, Punto Final y los Indultos de Carlos Menem fueron los ejes de los primeros meses de gobierno.
El gobierno de Kirchner logró, en 2005, un primer canje de la deuda en el que ingresaron el 76% de los acreedores privados y al cancelar las obligaciones con el Fondo Monetario Internacional (FMI), alcanzó un superávit fiscal e incrementó las reservas monetarias del país.
En las elecciones legislativas de ese año rompió la alianza que mantenía con Eduardo Duhalde, y obtuvo un categórico respaldo en las urnas.
El alejamiento de Roberto Lavagna, ministro de Economía de Duhalde que negoció el canje de la deuda, no le impidió al país mantener una tasa de crecimiento de 9% hasta 2007.
Con esos índices favorables en cuanto a lo económico se redujeron -en la gestión de Kirchner- la desocupación, los índices de pobreza y aumentaron las exportaciones y la producción industrial.
En materia internacional buscó la unidad regional y el acercamiento con los gobiernos de Lula Da Silva, en Brasil, y Hugo Chávez, en Venezuela, con quienes constituyó una importante alianza estratégica.
En base a ese entendimiento, los países del Mercosur rechazaron la constitución de un acuerdo de libre comercio que Estados Unidos quería imponer para todo el continente americano en la cumbre de Mar del Plata.
Kirchner dejó el gobierno en 2007 en manos de Cristina, que en octubre de ese año resultó electa como presidenta por el 47% de los votos, pero mantuvo su liderazgo al frente del proyecto político que encarnaba el Frente para la Victoria.
Los debates por la resolución 125; la Ley de Medios y la creación del Matrimonio Igualitario, tuvieron al santacruceño en la primera línea de un gobierno que buscaba profundizar algunos aspectos de su gestión.
La salud del líder del kirchnerismo se agravó en aquellos años de fragor político, y tras ser intervenido en febrero y septiembre, falleció el 27 de octubre 2010, en El Calafate, el mismo día en el que se realizaba el Censo Nacional.
Sus funerales fueron multitudinarios y la imagen de cientos de personas desfilando durante horas ante el féretro cerrado que contenía sus restos contrastaban con la imagen de un hombre temido y odiado que intentaban construir algunos medios masivos de comunicación.
En medio de un gran dolor, la militancia joven del Frente para la Victoria despidió al hombre que les permitió volver a creer en la política como realización de un proyecto colectivo.
