En la Justicia Penal fue denunciado entre 2014 y 2015 por "violación de deberes de funcionario público"; por "enriquecimiento ilícito"; por "privación de ilegal de la libertad" originada en un conflicto con un Juez de Instrucción; y por "encubrir a una red narco basada en el testimonio de una mujer" en un programa televisivo, aunque esta última aun no tiene trámite.
Además, fue denunciado por Gabriel Chamorro y Eduardo Barcesat por "abuso de autoridad, malversación de caudales públicos y prevaricato", por los procedimientos en Santa Cruz en la causa 'Hotesur'; causa en donde también están imputados diversos funcionarios porteños, entre ellos los jefes de Gobierno porteños saliente y entrante, Mauricio Macri y Horacio Rodríguez Larreta.
En el Consejo de la Magistratura está denunciado por un presunto "mal desempeño en la causa originada por el contagio masivo de más de 1.200 pacientes hemofílicos con los virus de HIV, Hepatitis B y Hepatitis C"; expediente presentado en 2011 que actualmente está en tratamiento de los consejeros en plenario por vencimiento de plazo; y podría sancionarse con una multa del 30% de sus haberes.
En 2012, cuando YPF aun permanecía en manos privadas, fue denunciado en la causa caratulada "YPF S.A s/delito de acción pública”, por la "venta vil de acciones a Repsol; y por irregularidades en la conversión de acciones de la compañía, que correspondían a los trabajadores en virtud del Programa de Propiedad Participada".
Un año después fue denunciado por un hombre de apellido Sanoguera que manifestó "haberse presentado varias veces en el Juzgado federal que dirige Bonadio para solicitar un certificado de sobreseimiento y, además de recibir malos tratos y discriminación, nunca logró que le sea expedido".
Otra de las causas que el juez tiene en su contra fue presentada por el abogado de Ricardo Jaime, Andrés Sergio Marutián, quien denunció a Bonadio por "mal desempeño y abuso de autoridad" en la causa caratulada como "Ricardo Jaime s/ negociaciones incompatibles".
En tanto, el abogado Gregorio Dalbón, lo denunció en 2014 por "mal desempeño arbitrario de sus funciones"; y anunció este año que también lo hará por un uso incorrecto de las fuerzas de la Metropolitana -tras el allanamiento de esa fuerza a la empresa Hotesur en Santa Cruz- y también presentará una denuncia por malversación de caudales públicos.
Dalbón también lo había denunciado el año pasado por "irregularidades en la búsqueda de Lucas Menghini Rey" en la causa titulada "Tragedia de Once".
Bonadio también está involucrado en una denuncia por malos tratos en la que, específicamente, "se denuncia que le impiden acceder a las actuaciones y ejercer el derecho de defensa, además de recibir malos tratos y comentarios burlones y degradantes" contra una abogada.
El abogado de Guillermo Moreno, Alejandro Rua, denunció a Bonadio por "mal desempeño" en el marco de una causa iniciada por la consultora Todesca contra los funcionarios de la Secretaría de Comercio Interior cuando le aplicaron una multa a dicha compañía.
En tanto, el Secretario de Justicia e integrante del Consejo de la Magistratura Julián Álvarez presentó una denuncia contra el juez debido a su "arbitrariedad" porque "utiliza las causas judiciales radicadas en su Juzgado para extorsionar a los consejeros y obstaculizar el trámite de las denuncias en su contra en el Consejo".
La Procuradora General de la Nación denunció también la actuación de Bonadio, en 2014, en la causa que tramita contra el titular de la PROCELAC, Carlos Gonella, por "rebeldía y prohibición de salir del país".
Este año, un abogado de apellido Ninone denunció que el magistrado "habría incurrido en arbitrariedad al investigar solo a su asistido y no a los restantes involucrados en el hecho delictivo"; y en otra, Bernardo Eduardo García Leone lo denunció "por el trámite que le dio a una causa en la que él denunció anomalías en el Centro de Emisión de Licencia de El Gaucho de Mar del Plata".
Claudio Bonadio fue notificado sobre la mayoría de las denuncias, pero nunca respondió; mientras que las últimas tres están en tratamiento ante la comisión de acusación; aunque el juez aún no fue notificado que existen estas denuncias.
